Ekstrakurikuler Pencak Silat merupakan salah satu ekstra yang ada di MAN Kota Mojokerto, dimana Ekstra ini bergerak di bidang olahraga serta seni budaya. Ekstrakurikuler ini bertujuan menciptakan anggotanya untuk menjadi pribadi yang jujur, kuat, cekatan, peka terhadap sesama serta bertanggung jawab. Ekstrakurikuler ini juga telah beberapa kali mengikuti perlombaan serta telah bebarapa kali menjuarai kejuaraan.